妖怪神社の御祭神は美穂津姫命(みほつひめのみこと)です。この美穂津姫命は、「出雲国風土記」の嶋根郡美保郷の条に「美保」の地名の由来として登場する他、「記紀」にも全く登場せず、謎の神とされておりますが、出雲の大国主神とも深い関わりのある、当地の重要祭神であります。
妖怪神社の御神体は、黄泉の国の三霊山の一つ須弥山(しゅみせん)の麓にある洞窟より産み落とされた岩の塊が八つに砕け散り、恐山、淡路島、石垣島、国後島、屋久島、青木ヶ原、谷川岳、夜見(黄泉)ヶ浜にそれぞれ辿り着きました。この夜見(黄泉)ヶ浜に辿り着いたものが当神社の御神体となったものです。
御神体の現在地表に出ている部分は、全体のごく一部であり、大部分は地中深く埋まったままとなっております。最深部がどこまで及んでいるのかは、現在の調査でもわかっていません。